Phim Vũ Khí Bóng Đêm: Thành Phố Xương xoay quanh cuộc sống thanh bình của cô gái tuổi teen bình thường Clary Fray. Tuy nhiên, chỉ một ngày sau khi cô gặp Jace Wayland , cuộc sống của cô gái 15 tuổi đã thay đổi đến chóng mặt. Clary trở về thấy mẹ đã biến mất và chính mình bị tấn công bởi một con quỷ. Nếu không có sự xuất hiện kịp thời của Jace, một Shadowhunter, thì có lẽ Clary cũng biến mất trên cuộc đời này như mẹ cô. Qua Jace, Clary biết rằng mình cũng là một phần của thế giới Shadowhunter, những người có nửa dòng máu thiên thần, những chiến binh có nhiệm vụ tiêu diệt quỷ trên trái đất. Cô biết tới thế giới ngầm của New York, một nơi có ma quỷ và các sinh vật lạ chưa từng biết đến. Carly sử dụng quyền năng mới của mình để cứu mẹ.